Đồng phạm của Khánh trong vụ án là Nguyễn Văn Hiếu (nguyên Giám đốc Công ty cổ phần Thương mại và du lịch Thành Lợi) bị tuyên án 21 tháng 9 ngày tù giam - bằng đúng thời gian tạm giam nên bị cáo đã được trả tự do ngay tại phiên tòa.

Theo cáo trạng, trong 2 năm (2003-2004), với hành vi ghi lùi thời gian mua, bán để tạo chênh lệnh, bị cáo Khánh đã thông đồng với Hiếu trong việc ký kết và thực hiện hợp đồng mua bán phân urê, bòn rút hơn 1,6 tỷ đồng của Nhà nước. Trong số này, bị cáo Khánh chiếm hưởng hơn 1,5 tỷ đồng, bị cáo Hiếu được 45 triệu đồng. Ngoài ra, bị cáo Khánh và Hiếu còn bị truy tố về hành vi hợp đồng thuê ô tô Mercedes nhằm rút tiền công quỹ tư túi cá nhân. Tổng số tiền bị cáo Khánh chiếm đoạt của Nhà nước trong phi vụ này là hơn 1,1 tỷ đồng.